舰船排列的核心在于理解舰船定位与战斗序列的相互作用。舰船默认分为前排、中排和后排三个站位，系统会根据蓝图中的舰船定位自动分配位置，玩家无法手动调整。前排舰船会优先承受伤害，因此需要将防御型舰船（如装甲驱逐舰或高闪避护卫舰）部署在前排，中后排则安排火力输出或支援型舰船。指挥值限制是另一关键因素，九级基地前单支舰队上限为300指挥值，升级后可提升至400，需合理分配高性价比舰船。
舰船类型的选择需围绕五种功能定位展开：输出、防御、修复、防空和载机。完整的舰队应覆盖这些功能，并根据敌方配置动态调整。若敌方舰载机较多，需增加防空型舰船（如光锥级防空无人机）；若以战列舰为主力，则需强化前排护甲与中排火力。武器战斗序列决定了攻击优先级，例如某些武器会优先攻击驱逐舰或护卫舰，因此可通过混编同类型肉盾舰来保护核心输出单位。
地形与战术环境对舰船排列有显著影响。高能辐射区仅允许巡洋舰及以上舰种进入，而小行星带适合小型舰船游击作战。利用地形优势可弥补舰队强度不足，例如将大型舰船部署于辐射区避免被小型舰群骚扰。舰队移动速度由最慢的舰船决定，高速舰船（如护卫舰）适合编入机动编队执行包夹任务，低速舰船（如战列巡洋舰）则适合主力推进。
指挥官技能与舰船强化是提升排列效果的重要补充。不同指挥官技能可针对性增强舰队属性，如攻击加成、防御强化或机动提升。技术值分配需优先考虑关键系统，前排舰船强化装甲与闪避，后排舰船专注火力与命中。维修舰船在后期作用有限，通常建议替换为输出单位以缩短战斗时间。通过持续优化舰船属性与指挥官搭配，可逐步形成适应多场景的舰队配置逻辑。
