口袋妖怪火红开启二周目模式，核心条件为先通关精灵联盟击败四天王与冠军，图鉴收录宝可梦数量达到60只以上，接着完成七岛的宝石系列主线剧情，解锁全国图鉴与彩虹通行证，完整开启二周目的全部游戏内容，缺少任意前置条件都无法解锁二周目的群岛探索、神兽捕捉和后期养成玩法。
完成一周目通关之后，角色回到真新镇，这时前往大木博士的研究所进行对话，只要图鉴里面登记的宝可梦达到60种，博士就会将关都图鉴升级为全国图鉴，这是开启二周目的硬性门槛，如果图鉴数量不足60只，博士不会触发图鉴升级对话，后续七岛剧情全程无法解锁，升级图鉴之后精灵联盟暂时关闭，四天王中的科拿外出，这段时间玩家不用尝试再次挑战联盟。完成图鉴升级以后前往枯叶市码头，乘坐渡轮抵达一之岛，走到精灵中心右侧的网络实验室和研究员阿锦交谈，对方会告知通讯设备损坏，需要拿到红宝石完成修复，同时给到前往一至三岛的临时通行权限，正式开启二周目的主线流程。随后前往一之岛东侧的灯火山，在山洞入口击败两名火箭队成员获取仓库密码线索，利用推石解谜走到山洞深处拿到红宝石，返回实验室把红宝石交给研究员，道具交付完毕后就可以升级为彩虹通行证，通行证开启四到七岛的通行权限，接下来还要寻找蓝宝石，才算走完二周目的基础解锁步骤。
拿到彩虹通行证之后依次游历二之岛、三之岛完成支线任务，接着前往五之岛攻破火箭队仓库拿到蓝宝石，再去到六之岛的点之穴完成解谜，从火箭队手里取回蓝宝石，再次回到一之岛的实验室将蓝宝石交给研究员，通讯机器彻底修复，七岛主线剧情全部完结，二周目正式完全开启。解锁二周目之后可以解锁大量新增内容，四之岛冻瀑洞窟拿到秘传机器攀瀑，七岛遗迹山谷能够捕捉28种形态的未知图腾，五之岛的饲育屋可以存放宝可梦孵蛋，搭配火焰身躯特性的宝可梦还能缩短孵蛋步数，同时七岛的训练师之塔开启，里面的NPC对战难度远高于一周目，用来快速刷取经验值十分合适。
二周目解锁完成后，华蓝市西北侧的华蓝洞解除封锁，使用冲浪技能进入洞穴深处可以捕捉70级的超梦，这也是游戏里综合实力顶尖的宝可梦，捕捉时把超梦血量压低之后施加催眠或者麻痹状态，再投放高级球，大幅提升捕捉成功率，而且超梦仅有一次捕捉机会，捕捉前建议提前存档。完成全部七岛任务之后精灵联盟重新开放，四天王和冠军的宝可梦等级整体提升，阵容搭配更加完善，反复挑战联盟可以用来磨炼队伍实力，玩家还能在关都地图随机遇到雷公、炎帝、水君三只传说宝可梦，进一步扩充全国图鉴的收集进度。原版游戏里面八之岛和九之岛属于二周目的额外隐藏区域，原版只能依靠官方发放的专属船票进入，改版当中可以借助道具代码拿到船票，前往肚脐岩捕捉凤王和洛奇亚，去到诞生岛解开陨石谜题捕捉代欧奇希斯，进一步丰富二周目的游玩内容。
很多玩家容易陷入误区，认为打完一周目冠军就算开启二周目，实际上通关冠军仅仅只是前置步骤，没有升级全国图鉴和完成七岛宝石任务，依旧只能停留在一周目的原有地图，只能重复挑战联盟，接触不到二周目的全部玩法。开启二周目之后优先把冲浪、碎岩、怪力、攀瀑全部学完，秘传技能是探索七岛洞穴、华蓝洞的必备条件，提前培养恶系、幽灵系宝可梦，既能应对火箭队成员，也能用来对战超梦和后续高等级对手，合理规划收集和对战节奏，就能充分体验二周目的全部游戏乐趣。
